拷貝數(shù)變異（Copy Number Variation,CNV）是一種存在于個體或群體之間的基因組結(jié)構(gòu)變異,是基因組遺傳變異的重要組成部分,主要與一些復(fù)雜性狀、疾病易感性及進(jìn)化相關(guān)。貴州地方豬具有體型小、生長速度緩慢、瘦肉率低、背膘厚、繁殖力低等缺點,但抗逆性強(qiáng)和肉質(zhì)細(xì)嫩等優(yōu)勢突出,影響這些表型的更深層次的分子機(jī)制尚不清楚。因此,本論文采用Read Depth方法對基因組重測序數(shù)據(jù)進(jìn)行基因組CNV檢測,從基因組水平探索CNV在豬群中的變異規(guī)律、CNV對貴州地方豬性狀的影響,以及CNV與皺皮香豬皮下脂肪和皮膚皺褶表型的聯(lián)系。主要研究結(jié)果如下:基于全基因組重測序數(shù)據(jù),使用Read Depth方法鑒定了3,814個非冗余的CNVRs,長度變異范圍4.36 kb至912.80 kb,中值21.77 kb,覆蓋基因組長度121.08 Mb,覆蓋率5.06%。有1,778個（46.62%）CNVRs與已知CNVR相重疊,2,036個（53.38%）為本研究首次檢出,qPCR驗證了隨機(jī)挑選的9個CNVRs真實存在。CNVRs由拷貝數(shù)缺失（deletion）和拷貝數(shù)重復(fù)（duplication）兩種變異...

【文章頁數(shù)】：98 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 前言
    1.1 引言
    1.2 貴州地方豬種
        1.2.1 香豬
        1.2.2 關(guān)嶺豬
        1.2.3 蘿卜豬
        1.2.4 黔北黑豬
        1.2.5 柯樂豬
    1.3 基因組拷貝數(shù)變異研究進(jìn)展
    1.4 基因組拷貝數(shù)變異的形成機(jī)制
        1.4.1 非等位基因同源重組(NAHR)
        1.4.2 非同源末端連接(NHEJ)
        1.4.3 復(fù)制叉延遲和模板轉(zhuǎn)換(FoSTeS)
        1.4.4 轉(zhuǎn)座元件介導(dǎo)的插入(MEI)
    1.5 基因組拷貝數(shù)變異的檢測方法
        1.5.1 SNP芯片
        1.5.2 比較基因組雜交技術(shù)
        1.5.3 全基因組重測序方法
    1.6 基因組拷貝數(shù)變異對表型的影響
    1.7 研究目的意義
2 材料和方法
    2.1 試驗材料
        2.1.1 試驗樣品
        2.1.2 生物信息學(xué)分析軟件及數(shù)據(jù)庫
        2.1.3 試驗儀器及試劑
        2.1.4 主要溶液配制
    2.2 基因組DNA提取和質(zhì)量檢測
    2.3 基因組文庫構(gòu)建及重測序
    2.4 生物信息學(xué)分析
        2.4.1 基因組重測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.4.2 序列比對
        2.4.3 基因組拷貝數(shù)變異檢測
        2.4.4 拷貝數(shù)變異合并
        2.4.5 拷貝數(shù)變異的基因注釋及功能分析
    2.5 引物設(shè)計
    2.6 試驗方法
        2.6.1 PCR擴(kuò)增
        2.6.2 目的片段回收與純化
        2.6.3 目的片段連接
        2.6.4 大腸桿菌(DH5α)感受態(tài)細(xì)胞制備
        2.6.5 重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化
        2.6.6 陽性菌落PCR鑒定
        2.6.7 陽性質(zhì)粒DNA提取
        2.6.8 DNA目的片段測序
        2.6.9 測序片段序列分析
    2.7 基因組拷貝數(shù)變異定量分析
    2.8 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析
3 結(jié)果
    3.1 全基因組拷貝數(shù)變異分析
        3.1.1 拷貝數(shù)變異檢測
        3.1.2 與已知CNVR比較分析
        3.1.3 qPCR驗證群體基因組的拷貝數(shù)變異
            3.1.3.1 基因片段克隆與測序
            3.1.3.2 標(biāo)準(zhǔn)曲線建立
            3.1.3.3 CNVRs的群體拷貝數(shù)變異規(guī)律
    3.2 貴州地方豬群間拷貝數(shù)變異分析
        3.2.1 拷貝數(shù)變異聚類分析
        3.2.2 貴州地方豬和歐洲豬比較分析
        3.2.3 貴州地方豬種間比較分析
        3.2.4 特異性CNVR的基因注釋和功能分析
    3.3 皺皮香豬的拷貝數(shù)變異研究
        3.3.1 樣品
        3.3.2 皺皮香豬拷貝數(shù)變異分析和功能預(yù)測
        3.3.3 QTL分析
4 討論
    4.1 全基因組拷貝數(shù)變異分析
    4.2 貴州地方豬種與歐洲豬種之間拷貝數(shù)變異分析
    4.3 貴州地方豬種之間特有拷貝數(shù)變異分析
    4.4 皺皮香豬相關(guān)性狀的拷貝數(shù)變異分析
5 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
附圖1 CNVRs標(biāo)準(zhǔn)曲線
附圖2 測序片段
附錄一



本文編號：4053064