基于高通量測(cè)序的少孢節(jié)叢孢轉(zhuǎn)錄組分析
發(fā)布時(shí)間:2020-12-16 16:57
少孢節(jié)叢孢是一種典型的食線蟲真菌,在無(wú)線蟲的環(huán)境條件下營(yíng)腐生生活,但在受到線蟲誘導(dǎo)后,少孢節(jié)叢孢能夠形成三維粘性菌網(wǎng)捕食線蟲。形成捕食器官也是少孢節(jié)叢孢從腐生生活方式轉(zhuǎn)化為寄生生活方式的重要標(biāo)志。本研究利用線蟲提取液誘導(dǎo)少孢節(jié)叢孢,并選擇其形成捕食器官的三個(gè)關(guān)鍵時(shí)間節(jié)點(diǎn)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,這三個(gè)時(shí)間點(diǎn)包括0h、誘導(dǎo)前期10h以及誘導(dǎo)后期48h。通過(guò)對(duì)測(cè)序結(jié)果的系統(tǒng)生物學(xué)分析,研究少孢節(jié)叢孢在捕食器官形成過(guò)程中基因表達(dá)的變化,探索少孢節(jié)叢孢生活史轉(zhuǎn)化的表達(dá)調(diào)控機(jī)理。研究結(jié)果顯示,在0h到10h的誘導(dǎo)前期,共有941個(gè)基因表現(xiàn)出顯著的表達(dá)差異,其中表現(xiàn)為上調(diào)的基因數(shù)量是496個(gè),表現(xiàn)為下調(diào)的基因數(shù)量為445個(gè);在10h到48h的誘導(dǎo)后期,發(fā)生顯著性差異表達(dá)的基因數(shù)量為824個(gè),其中有459個(gè)為上調(diào)基因,365個(gè)為下調(diào)基因;在0h到48h整個(gè)誘導(dǎo)過(guò)程中則有326個(gè)基因表現(xiàn)出了顯著性差異表達(dá)的現(xiàn)象,其中192個(gè)表現(xiàn)出上調(diào)的現(xiàn)象,134個(gè)則表現(xiàn)為下調(diào)。在這三種情況下都表現(xiàn)為上調(diào)的基因有17個(gè),分別是:ao0300022、ao0300211、ao0301042、ao0301264、ao0302655、...
【文章來(lái)源】:云南大學(xué)云南省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:63 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序流程
不同時(shí)間段下少孢節(jié)叢孢的形態(tài)學(xué)變化
三個(gè)時(shí)間段上調(diào)差異基因
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]全基因組序列拼接研究進(jìn)展[J]. 曾培龍,王亞?wèn)|. 智能計(jì)算機(jī)與應(yīng)用. 2012(04)
[2]食線蟲真菌資源研究概況[J]. 張穎,李國(guó)紅,張克勤. 菌物學(xué)報(bào). 2011(06)
[3]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
[4]瓜類根結(jié)線蟲病的發(fā)生與防治[J]. 楊昌強(qiáng),彭輝,孫永遠(yuǎn). 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2009(22)
[5]植物寄生線蟲分子生物學(xué)和抗線蟲基因工程策略的研究進(jìn)展(綜述)[J]. 韓生成,劉清利,孟頌東,楊懷義,田波. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 1999(04)
本文編號(hào):2920477
【文章來(lái)源】:云南大學(xué)云南省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:63 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序流程
不同時(shí)間段下少孢節(jié)叢孢的形態(tài)學(xué)變化
三個(gè)時(shí)間段上調(diào)差異基因
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]全基因組序列拼接研究進(jìn)展[J]. 曾培龍,王亞?wèn)|. 智能計(jì)算機(jī)與應(yīng)用. 2012(04)
[2]食線蟲真菌資源研究概況[J]. 張穎,李國(guó)紅,張克勤. 菌物學(xué)報(bào). 2011(06)
[3]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
[4]瓜類根結(jié)線蟲病的發(fā)生與防治[J]. 楊昌強(qiáng),彭輝,孫永遠(yuǎn). 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2009(22)
[5]植物寄生線蟲分子生物學(xué)和抗線蟲基因工程策略的研究進(jìn)展(綜述)[J]. 韓生成,劉清利,孟頌東,楊懷義,田波. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 1999(04)
本文編號(hào):2920477
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