病毒是地球上目前所知的最古老、數量最多、適應性最強的生物實體(biological entities),代表著巨大、多樣的新基因源,病毒進化因而很可能也影響到宿主的進化。研究病毒進化不僅可以了解病毒的多樣性,預測和解釋新病毒病的出現,而且可以深入認識病毒-宿主間的互作關系,揭示病毒-宿主之間遺傳信息的交流。病毒基因組比較是研究病毒互作與進化的重要方式,但是常常會受到數據的限制,比如可用的病毒基因組數據量偏少,或著樣本不具代表性。更重要的是,病毒沒有化石,病毒進化研究只能局限在現存病毒上。由于逆轉錄病毒(retroviruses)能夠發(fā)生基因組整合,在數百萬年的進化歷程中它們偶爾會內生化(endogenization)到宿主基因組中形成內源逆轉錄病毒(endogenous retroviruses)。這些內源病毒序列實際上代表著古老病毒基因組的“分子化石”,保留了古代病毒與宿主互作的重要信息,因此對研究病毒-宿主長期的互作與進化歷史極為寶貴。此前一直認為非逆轉錄病毒通常并不能夠發(fā)生基因組整合,形成“病毒化石”的例子就更加罕見。 本研究一方面立足于所在實驗室長期研究的核盤菌(Sclerot...

【文章頁數】：258 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖1.4假定的內源病毒因子形成過程及其與現存病毒的關系(Johnson，2010)

整合到宿主生殖細胞的染色體上，形成的前病毒能夠以孟德爾的方式遺傳給子代仍envenistectal，1974:Jae城seh，1976)，也即病毒DNA同化到宿主基因組中的過程稱為內生化(endogeniZation)(Fesehotte，2010)(圖1.4)，這也是....

圖1.4論文研究技術路線圖

病毒宿主范圍廣泛性和非逆轉錄病毒內生化現象，探討病毒內生化機制、起源進化以及病毒與宿主在基因組水平_1:的互作與進化關系，揭示病毒在真核生物進化中的重要作用(圖1.4)。核盤菌咧EST數據Jl側戛.鷺憶魚_遂鷺\/}病毒基因組!\數據庫/\道絲復旦男~絲到l.P--握遭娜/r內源....

圖2.25、RV一l二‘151之NAeDNA克隆策略和推定的基因組結構

圖2.25、RV一l二‘151之NAeDNA克隆策略和推定的基因組結構A，紅_色短線(A一J)表小川隨機引物克隆到的序列，流色雙向箭頭(1一26)發(fā)小川RT一PCR和RLM一I認C克隆到的序列;B，長萬框表小ORF，推定編碼蛋獷l含了J一ss(+)RNA病，!i類甲病毒超到l)J....

圖2.3M一和s一dsRNA推定的基因組結構比較

圖2.3M一和s一dsRNA推定的基因組結構比較長方框表示ORF，實線表示非編碼區(qū)，均按比例繪制;亮灰色區(qū)域和點劃線指出S一dsRNA相對于M一dsRNA缺失的部分�！癟CC”三核有酸重復所在的位置已標出。Fig.2.3SchematierePresentationofPredi....

本文編號：4003204