【目的】對甘薯羽狀斑駁病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)O株系中國分離物(SPFMV-O-Ch1)和RC株系中國分離物(SPFMV-RC-Ch1)的基因組全序列進(jìn)行克隆,明確SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的基因組結(jié)構(gòu)特征及其遺傳變異情況,為研究甘薯羽狀斑駁病毒的致病機(jī)制打下基礎(chǔ)。【方法】根據(jù)GenBank中登錄的SPFMV基因組全序列設(shè)計(jì)2對簡并引物和3對特異性引物,利用RT-PCR方法,從感染SPFMV的甘薯葉片中擴(kuò)增SPFMV O株系和RC株系中國分離物的基因組全長序列,將目的片段分別克隆到pMD19-T載體上,經(jīng)序列測定、分析和拼接,獲得SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的全序列,利用DNAMAN和MEGA7對SPFMV基因組全序列及不同編碼區(qū)序列進(jìn)行遺傳變異和系統(tǒng)進(jìn)化樹分析,利用RDP軟件分析SPFMV基因組重組情況。【結(jié)果】經(jīng)序列測定和拼接,結(jié)果表明SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1基因組分別包含10 922和10 851 nt,均包含一個(gè)開放閱讀框,分別由10 557和10 ...

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【部分圖文】：

圖1O-Ch1和RC-Ch1分離物基因組不同片段RT-PCR產(chǎn)物

重組質(zhì)粒經(jīng)PCR鑒定為陽性，對陽性克隆進(jìn)行序列測定，通過RACE試驗(yàn)獲得了兩個(gè)分離物的5′和3′末端序列，確保引物及重疊區(qū)域堿基無變異，拼接后獲得了SPFMV-O和SPFMV-RC株系中國分離物的全基因組序列，分別命名為SPFMV-O-Ch1(GenBank登錄號為KY29645....

圖2SPFMV分離物多聚蛋白和P1蛋白核苷酸序列遺傳進(jìn)化分析

基于SPFMV多聚蛋白基因核苷酸序列構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明，O-Ch1分離物與來自烏干達(dá)的O株系Ruk73分離物形成一個(gè)小分支，親緣關(guān)系最近，與其他屬于O株系的分離物在一個(gè)大分支上，而與來自秘魯?shù)腅A株系Piu3分離物親緣關(guān)系也較近。RC-Ch1分離物與來自韓國RC株系的IS9....

圖3SPFMV分離物CI蛋白和CP蛋白核苷酸序列遺傳進(jìn)化分析

比較保守的CI蛋白核苷酸序列進(jìn)化樹分析結(jié)果顯示，O-Ch1分離物與來自東帝汶的O株系TM66B分離物親緣關(guān)系最近，RC-Ch1分離物與IS90分離物親緣關(guān)系最近。對CP蛋白核苷酸序列構(gòu)建進(jìn)化樹，結(jié)果與P1蛋白系統(tǒng)進(jìn)化樹相似，O-Ch1與O-Arg、10-O、Ordinary及17....

本文編號：4001868