錐栗（Castanea henryi（Skam）Rehd.et Wils.）屬殼斗科栗屬植物,是我國南方著名的果材兼用樹種。錐栗的栽培歷史悠久,形成了一批主栽農家品種,而野生錐栗群體中保存著大量的遺傳資源。要有效地開展良種選育,首先必須了解其遺傳多樣性狀況。本文利用高通量測序技術開發(fā)錐栗基因組和轉錄組SSR標記,應用開發(fā)的SSR分子標記研究錐栗野生和栽培群體的遺傳多樣性,對于錐栗基因資源的保護和育種利用具有重要的意義。主要研究結果如下:1、對SSR富集文庫進行測序,在高質量的2,051,475條序列中,總共搜索到2,117,345個SSR,以復合形式存在的SSR數量為640,155個。錐栗GC含量為35.8%,二核苷酸為重復單元的SSR含量最多,占總數的73.22%,之后依次為三核苷酸（12.61%）、單核苷酸（12.56%）、四核苷酸（1.33%）。單堿基重復、二堿基重復和三堿基重復優(yōu)勢重復單元分別為:A/T、AC/GT、AAG/CTT。以8個農家品種為材料,篩選出10對穩(wěn)定性好、多態(tài)性較高的基因組SSR引物組合。2、以錐栗優(yōu)良品種“建甌1號”為材料,對其根、莖、葉、雌花、雄花、果實... 

【文章來源】：福建農林大學福建省

【文章頁數】：80 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

單堿基質量分布圖

SSLP=6 512 0.08%SSLP=7 172 0.03%SSLP=8 54 0.0084%SSLP=9 22 0.0034%SSLP=10 8 0.0013%SSLP=11 2 0.0003%SSLP=12 2 0.0003%SSLP=17 1 0.0002%Total 639,455 100.00%1*SSLP：同一類中 SSR 的長度多態(tài)性（length polymorphism）2.2.3 基因組 SSR 的開發(fā)以 8 個農家品種為材料，對 100 對引物進行篩選，最終選出穩(wěn)定性好、重復性高和多態(tài)性高的 10 對基因組 SSR 引物組合（表 2-6、圖 2-2）。

表 3-3 Unigene 功能注釋結果Tab.3- 3 Statistics of annotation results數據庫的類型Annotation inDatabaseNR GOKEGGeggNOGSwissprot通用數據In alldatabaseUnigene 數量Unigene Num78257 45308 6695 74522 58774 5422百分比(%)Percentage (%)44.23 25.61 3.78 42.12 33.22 3.06采用 DESeq （Version 1.18.0）分析表達差異 Unigene，通過兩兩對比，按照表達量倍數變化（Fold Change）和表達量變化顯著性（P-value）篩選出差異 Unigene，篩選標準為|log2(FoldChange)| > 1 & P-value < 0.05。將每一個 Unigene 的表達量倍數變化值和表達量變化顯著性結果顯示在同一個圖中，獲得表達差異 Unigene 分布的直觀結果。采用 R 語言 ggplot2 軟件包繪制表達差異 Unigene 的火山圖（Volcano Plot）和 MA

【參考文獻】：
期刊論文
[1]基于完全型SSR標記的西番蓮(Passiflora edulis)遺傳多樣性分析[J]. 吳艷艷,田青蘭,劉潔云,黃偉華,黃永才,楊行海,夏秀忠,牟海飛.  分子植物育種. 2019(24)
[2]金花茶遺傳多樣性和遺傳結構AFLP分析[J]. 李辛雷,王潔,殷恒福,范正琪,李紀元.  生態(tài)與農村環(huán)境學報. 2019(01)
[3]瀕危植物五小葉槭(Acer pentaphyllum Diels)天然種群遺傳多樣性的ISSR標記分析[J]. 郝云慶,羅曉波,王曉玲.  四川大學學報(自然科學版). 2019(01)
[4]棗莊石榴種質資源遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 馬麗,王慶軍,羅華,郝兆祥,周玉亮,趙麗娜.  北方園藝. 2018(24)
[5]基于蛇足石杉轉錄組的SNP和SSR多態(tài)性分析[J]. 張林甦,劉承貴,蒙慧彤,夏亞蘭.  黔南民族醫(yī)專學報. 2018(04)
[6]利用SRAP分子標記分析杧果種質遺傳多樣性[J]. 羅世杏,唐玉娟,黃國弟,宋恩亮,何江,寧琳,趙英.  熱帶作物學報. 2018(12)
[7]‘惠水金橘’的葉綠體基因組特征分析[J]. 王小柯,鄭乾明,羅懌,柏自琴,李文云,李金強,蔡永強.  果樹學報. 2019(03)
[8]DNA分子標記技術的研究與應用[J]. 陳星,高子厚.  分子植物育種. 2019(06)
[9]山茶屬葉綠體全基因組微衛(wèi)星特征分析及標記開發(fā)[J]. 殷鑫,溫強,王建文,李田,葉金山,徐立安.  分子植物育種. 2018(20)
[10]基于全基因組SNP的貴州久安古茶樹遺傳關系分析[J]. 郭燕,喬大河,楊春,李燕,陳正武,陳娟.  植物遺傳資源學報. 2019(01)

博士論文
[1]尾葉桉×細葉桉重要經濟性狀的遺傳變異與關聯分析[D]. 陳升侃.中國林業(yè)科學研究院 2018
[2]火力楠種質資源遺傳多樣性研究[D]. 李清瑩.中國林業(yè)科學研究院 2018
[3]紅豆樹天然居群遺傳多樣性和交配系統分析[D]. 李峰卿.中國林業(yè)科學研究院 2017
[4]利用關聯作圖解析紫斑牡丹重要性狀的等位遺傳變異[D]. 吳靜.北京林業(yè)大學 2016
[5]日本落葉松生長及材性相關基因關聯遺傳研究[D]. 劉昌勇.中國林業(yè)科學研究院 2016
[6]杜仲高密度遺傳連鎖圖譜構建與重要數量性狀的分子標記[D]. 李煜.西北農林科技大學 2015
[7]中國楸樹種質資源分布及遺傳多樣性分析[D]. 郝明灼.南京林業(yè)大學 2013
[8]馬鈴薯育種資源研究及基于全基因組序列的EST-SSR標記開發(fā)[D]. 李季航.四川農業(yè)大學 2013
[9]楊梅基因組SSR標記開發(fā)和雄株遺傳多樣性分析[D]. 焦云.浙江大學 2012

碩士論文
[1]野生花生全基因組SSR標記的開發(fā)與應用[D]. 仇靜靜.山東師范大學 2018
[2]水松EST-SSR分子標記開發(fā)及群體遺傳變異分析[D]. 林雪瑩.中南林業(yè)科技大學 2018
[3]青籬柴轉錄組高通量測序分析及SSR分子標記的開發(fā)[D]. 黃建敏.貴州師范大學 2018
[4]寒地懸鉤子SSR分子標記與遺傳多樣性分析[D]. 耿佳麒.吉林農業(yè)大學 2018
[5]蛇足石杉轉錄組測序及基于SSR標記的遺傳多樣性分析[D]. 何美娜.西北大學 2017
[6]不同樹形和修剪強度對錐栗生長和結果的影響[D]. 王剛.中南林業(yè)科技大學 2017
[7]基于表型性狀與分子標記的錐栗主栽農家品種遺傳多樣性分析[D]. 董蒙蒙.福建農林大學 2017
[8]人參種質資源鑒定的SSR核心引物篩選及其應用研究[D]. 侯志芳.中國農業(yè)科學院 2017
[9]山東省梨屬野生種質資源調查與評價[D]. 梁婷婷.山東農業(yè)大學 2016
[10]錐栗品種授粉配置技術研究[D]. 張旭輝.中南林業(yè)科技大學 2016



本文編號：2903138