從轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)中篩選重復(fù)次數(shù)較多、兩翼序列較長的簡單重復(fù)序列用于多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記的篩選,利用熒光標(biāo)記SSR技術(shù)分析太湖、長江下游(崇明島附近)、微山湖和東平湖4個地理群體日本沼蝦的遺傳多樣性。從日本沼蝦轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)中選擇546個cDNA序列,設(shè)計了60對引物,有33對能擴(kuò)增出穩(wěn)定、清晰的條帶,其中12對呈現(xiàn)出良好的多態(tài)性。這12個多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記的等位基因數(shù)為3～7,觀測雜合度為0.1724～0.9630,期望雜合度為0.1942～0.8462。群體遺傳多樣性分析結(jié)果顯示,微山湖群體的平均期望雜合度和觀測雜合度最高,分別為0.8403、0.8350;東平湖的次之,為0.8350、0.7854;長江下游群體的最低,為0.7145、0.7909。由此可見,北方2個群體的遺傳多樣性要高于南方2個群體。4個日本沼蝦群體的分子方差分析顯示,東平湖群體與長江下游群體、微山湖群體與長江下游群體的遺傳分化指數(shù)介于0.05～0.15,達(dá)到中等分化程度。聚類分析顯示,微山湖和東平湖群體聚類為一支,再先后與太湖群體、長江下游群體(崇明島附近)聚類,這與各日本沼蝦群體實際的地理距離吻合,反映出日本...

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圖1 基于遺傳距離的UPGMA聚類樹

基于遺傳距離的UPGMA聚類結(jié)果顯示,東平湖和微山湖群體先聚為一支,再與太湖群體聚為一支,最后與長江下游群體聚類(圖1),這種聚類關(guān)系與實際的地理分布吻合,也反映了各日本沼蝦群體的生物地理進(jìn)化關(guān)系。3討論

本文編號：4040305