戊糖片球菌作為片球菌素的天然生產(chǎn)者,被廣泛應(yīng)用于發(fā)酵行業(yè)。近年來,其益生功能也廣受關(guān)注,例如抑制食源性致病菌、調(diào)節(jié)腸道免疫和降低膽固醇等。但也有學(xué)者發(fā)現(xiàn),個別菌株在小鼠腹瀉模型中促進(jìn)了促炎因子的產(chǎn)生從而加劇炎癥反應(yīng),這意味著戊糖片球菌的益生功能存在著較高的菌株特異性,需要進(jìn)一步的體內(nèi)驗證。鑒于目前戊糖片球菌菌株數(shù)量較少且來源單一,本文旨在增加戊糖片球菌的菌株數(shù)量,豐富基因組資源并分析其基因組一般特征及功能基因組�；诨蚪M分析結(jié)果,選取不同基因特征的菌株,探究其對正常小鼠腸道微生態(tài)的影響,從而解析不同基因型戊糖片球菌對宿主的腸道微生態(tài)是否存在差異影響,并初步探討產(chǎn)生差異的原因,為進(jìn)一步挖掘具有益生功能的戊糖片球菌提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:為了分析戊糖片球菌的基因多樣性,從400份來源于不同地區(qū)的發(fā)酵食品以及糞便樣品中,共篩獲了65株戊糖片球菌。經(jīng)基因組測序及比較顯示,泛基因組呈現(xiàn)開放趨勢,說明戊糖片球菌與環(huán)境基因交流頻繁;核心基因主要參與其代謝活動,其中24個基因與防御機制相關(guān);平均核苷酸一致性(ANI)值均大于0.98,證明65株皆為戊糖片球菌且戊糖片球菌沒有亞種。通過構(gòu)建基于同...

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 戊糖片球菌概述
    1.2 戊糖片球菌基因組研究
        1.2.1 戊糖片球菌基因組
        1.2.2 戊糖片球菌的系統(tǒng)分類地位以及遺傳多樣性
        1.2.3 戊糖片球菌的碳水化合物利用相關(guān)基因
        1.2.4 戊糖片球菌的細(xì)菌素利用相關(guān)基因
        1.2.5 戊糖片球菌的CRISPR/Cas及質(zhì)粒
    1.3 戊糖片球菌對宿主健康的影響
        1.3.1 戊糖片球菌的腸道菌群調(diào)節(jié)功能
        1.3.2 戊糖片球菌的免疫調(diào)節(jié)功能
        1.3.3 戊糖片球菌的降低膽固醇功能
        1.3.4 戊糖片球菌的其他功能
    1.4 立題背景與意義
    1.5 研究內(nèi)容
2 材料與方法
    2.1 材料與設(shè)備
        2.1.1 主要試劑
        2.1.2 培養(yǎng)基
        2.1.3 設(shè)備
    2.2 實驗方法
        2.2.1 樣品采集
        2.2.2 戊糖片球菌的分離純化、鑒定和保藏
        2.2.3 基因組的組裝、結(jié)構(gòu)預(yù)測和功能注釋
        2.2.4 比較基因組分析
        2.2.5 不同基因型的戊糖片球菌對小鼠腸道微生態(tài)的影響體內(nèi)實驗
        2.2.6 數(shù)據(jù)處理及分析
3 結(jié)果分析與討論
    3.1 戊糖片球菌的基因組多樣性
        3.1.1 戊糖片球菌的分離與鑒定
        3.1.2 戊糖片球菌基因組的一般特征
        3.1.3 戊糖片球菌基因組的平均核苷酸一致性(ANI)及同源性基因進(jìn)化樹
        3.1.4 戊糖片球菌基因組的共線性
        3.1.5 戊糖片球菌的同源基因與特異基因
        3.1.6 戊糖片球菌的核心基因與泛基因
        3.1.7 戊糖片球菌的全基因組比較
        3.1.8 戊糖片球菌碳水化合物利用相關(guān)基因
        3.1.9 戊糖片球菌的CRISPR/Cas系統(tǒng)
        3.1.10 戊糖片球菌細(xì)菌素基因簇
    3.2 不同基因型的戊糖片球菌對小鼠腸道微生態(tài)的影響
        3.2.1 不同基因型的戊糖片球菌對小鼠飲食、飲水量及體重的影響
        3.2.2 不同基因型的戊糖片球菌對小鼠結(jié)腸組織形態(tài)學(xué)上的影響
        3.2.3 不同基因型的戊糖片球菌對小鼠結(jié)腸中細(xì)胞因子水平的調(diào)節(jié)
        3.2.4 不同基因型的戊糖片球菌對小鼠腸系膜淋巴結(jié)細(xì)胞中調(diào)節(jié)性T細(xì)胞的影響
        3.2.5 不同基因型的戊糖片球菌對短鏈脂肪酸含量的影響
        3.2.6 不同基因型的戊糖片球菌對小鼠腸道菌群多樣性的影響
        3.2.7 戊糖片球菌的基因型與腸道微生態(tài)調(diào)節(jié)的相關(guān)性分析
主要結(jié)論與展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄 Ⅰ:作者在攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文
附錄 Ⅱ:戊糖片球菌的基本信息
附錄 Ⅲ:戊糖片球菌CRISPR序列中重復(fù)序列的信息
附錄 Ⅳ:戊糖片球菌CRISPR重復(fù)序列與其他種屬重復(fù)序列的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹



本文編號：4051829