利用生物信息學方法對玉米基因組中的GATA基因家族成員進行鑒定,并對其理化性質(zhì)、染色體分布、系統(tǒng)進化、基因結(jié)構(gòu)、保守基序進行分析,并分析其在熱脅迫前后的表達水平變化,以期為玉米GATA基因功能研究奠定基礎。結(jié)果表明,在玉米基因組中共鑒定到37個GATA基因,它們不均勻地分布在10條染色體上,均含有CX₂CX₁₈CX₂C保守基序;進化樹分析表明,玉米GATA基因家族可分為A、B、C、D 4組,分別包含21、10、4、2個基因,同一組內(nèi)的基因具有相似的基因結(jié)構(gòu)。熱脅迫處理后,玉米GATA家族成員中表達上調(diào)的基因有9個,包含A組5個（Zm00001d010785、Zm00001d023539、Zm00001d041883、Zm00001d025953、Zm00001d031135）,B組2個（Zm00001d011771、Zm00001d034751）,C組2個（Zm00001d036494、Zm00001d014656）;下調(diào)的基因有2個,均屬于B組（Zm00001d016361和Zm00001d009193）。說明上調(diào)表達...

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【部分圖文】：

圖1 玉米GATA 基因的染色體分布

由圖1可知,37個玉米GATA基因在10條染色體上不均勻分布,8號染色體上最多,含有6個基因;其次是1號、4號和5號染色體,均含有5個基因;6號和10號染色體分別含有4個基因;9號染色體上含有3個基因;2號和3號染色體分別含有2個基因;7號染色體上最少,只鑒定到1個基因。其中,4....

圖2 玉米GATA基因的系統(tǒng)進化樹

本研究將鑒定到的玉米GATA基因家族成員氨基酸序列與已知擬南芥GATA基因家族成員氨基酸序列進行比對,根據(jù)已知擬南芥GATA基因家族成員進化分類信息對玉米GATA基因家族進行分類(圖2),玉米GATA基因家族可以分為4組(A、B、C、D),其中A組包含21個家族成員,占玉米GAT....

圖3 玉米GATA基因家族成員基因結(jié)構(gòu)

由圖3可知,玉米GATA家族基因含有1～8個外顯子,其中,A組含有1～3個外顯子;B組的4個基因含有2個外顯子,6個基因含有3個外顯子;C組的4個基因(Zm00001d033523、Zm00001d013331、Zm00001d036494和Zm00001d014656)含有7～....

圖4 玉米GATA基因家族保守基序

圖3玉米GATA基因家族成員基因結(jié)構(gòu)2.4玉米GATA基因家族成員應答熱脅迫的表達分析

本文編號：4055416