黃瓜（Cucumis sativus L.）是世界上重要的蔬菜經(jīng)濟作物。果實大小和形狀是與黃瓜產(chǎn)量及外觀品質(zhì)相關(guān)的重要農(nóng)藝性狀,但是迄今為止,與其相關(guān)基因精細(xì)定位及克隆的報道較少,分子機制也不是很清楚。為了探究控制果實大小和形狀的分子機制,本研究選育了兩個黃瓜自交系:CNS21和RNS7。CNS21果實呈長棒狀,果型指數(shù)約為10,RNS7為近圓形,果型指數(shù)約為1。除此之外,這兩個自交系的表型還有其他差異,如CNS21的節(jié)間比較細(xì)長,葉子邊緣褶皺少,商品瓜為翠綠色,成熟瓜果皮黃色,白刺,3心室;而RNS7的節(jié)間相對短粗,葉邊緣褶皺多,葉片不平展,商品瓜為黃綠色,成熟瓜果皮紅棕色,黑刺,4-5心室。主要結(jié)果如下:（1）對這兩個自交系進行了基因組重測序。共分別得到71,497,784和65,875,278clean reads,質(zhì)量值大于Q30的比例均大于80%。其中分別有88.73%和89.2%匹配到參考基因組“Chinese long”9930上,平均測序深度分別為18X和19X,大于10X的覆蓋率分別為89%和91%。與參考基因組相比,在CNS21與RNS7基因組中,分別得到約15.90...

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【學(xué)位級別】：碩士

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中文摘要
Abstract
1 前言
    1.1 研究目的及意義
    1.2 國內(nèi)外研究進展
        1.2.1 黃瓜果實大小的研究進展
        1.2.2 其他作物果實大小的研究進展
        1.2.3 黃瓜遺傳圖譜的研究進展
        1.2.4 基因組重測序在黃瓜研究上的應(yīng)用
2 材料與方法
    2.1 試驗材料
        2.1.1 試驗材料
        2.1.2 試驗所用酶及生化試劑
    2.2 試驗方法
        2.2.1 黃瓜兩親本的基因組重測序及分析
            2.2.1.1 樣品的采集與處理
            2.2.1.2 全基因組總DNA的提取
            2.2.1.3 全基因組重測序前的準(zhǔn)備工作
            2.2.1.4 對測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量控制
            2.2.1.5 對重測序數(shù)據(jù)進行變異檢測
            2.2.1.6 測序數(shù)據(jù)的基因挖掘和功能注釋
        2.2.2 對重測序得到的變異進行驗證
            2.2.2.1 所需引物的設(shè)計
            2.2.2.2 驗證所用的PCR反應(yīng)體系
            2.2.2.3 PCR產(chǎn)物的電泳檢測
            2.2.2.4 PCR產(chǎn)物的測序驗證
        2.2.3 黃瓜果形相關(guān)的QTLs的定位
            2.2.3.1 材料的種植與群體的構(gòu)建
            2.2.3.2 群體各植株表型的統(tǒng)計
            2.2.3.3 群體各植株基因型的統(tǒng)計
            2.2.3.4 QTLs的定位
3 結(jié)果與分析
    3.1 兩果形自交系的表型特征
    3.2 對重測序數(shù)據(jù)進行分析及驗證
        3.2.1 測序過程的質(zhì)控情況
        3.2.2 與參考基因組的比對結(jié)果
        3.2.3 變異位點的檢測
        3.2.4 CNS21和RNS7兩樣本間的變異數(shù)統(tǒng)計
        3.2.5 對測序獲得的多態(tài)性位點進行驗證
        3.2.6 檢測到的變異在染色體上的分布特點
            3.2.6.1 不同染色體上變異位點數(shù)目不同
            3.2.6.2 不同染色體上變異的密度不同
            3.2.6.3 各類型變異在條染色體上分布不均勻
        3.2.7 檢測到的SNP和InDel的特點
            3.2.7.1 檢測到的SNP的特點
            3.2.7.2 檢測到的InDel的特點
        3.2.8 對變異位點進行功能注釋
            3.2.8.1 對SNP位點和InDels位點進行功能注釋
            3.2.8.2 IDPS在全基因組及CDS區(qū)的分布特點
            3.2.8.3 對CNS21與RNS7間的SNP位點進行Pfam分析
            3.2.8.4 對CNS21與RNS7間的差異基因進行GO分析
    3.3 黃瓜果形相關(guān)的QTLs的定位分析
        3.3.1 表型數(shù)據(jù)統(tǒng)計結(jié)果
        3.3.2 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
        3.3.3 QTLs的定位結(jié)果
        3.3.4 推測控制黃瓜果形的候選基因
4 討論
    4.1 SNPs和InDels的連鎖性
    4.2 黃瓜CDS區(qū)在進化過程中的保守性
    4.3 控制黃瓜果形的候選基因
5 結(jié)論
6 參考文獻(xiàn)
7 附錄
8 致謝



本文編號：4055429