核糖核酸（RNA）是細胞中的基本單元之一,常與其它蛋白質(zhì)或小分子等生物分子形成復(fù)合物結(jié)構(gòu),有調(diào)控和催化等重要的生物學(xué)功能。然而,由于RNA分子的柔性特征和實驗技術(shù)的限制,實驗上較難快速測定RNA分子的復(fù)合物結(jié)構(gòu),極大地阻礙了 RNA復(fù)合物功能的探索。因此,RNA結(jié)合位點的理論預(yù)測研究有助于理解其結(jié)構(gòu)功能關(guān)系和解釋生物學(xué)機理問題。本文介紹了一種基于RNA三級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)合位點的網(wǎng)絡(luò)策略,即RBind。該方法首先對RNA三級結(jié)構(gòu)進行網(wǎng)絡(luò)模型構(gòu)建。在網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建中,RNA結(jié)構(gòu)中的每個核苷酸為網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點,非近鄰核苷酸中任一重原子間距離小于8A連接為網(wǎng)絡(luò)中的邊。第二步,在構(gòu)建的RNA網(wǎng)絡(luò)中,我們對網(wǎng)絡(luò)節(jié)點的度中心性和接近中心性進行計算。第三步,基于度中心性（degree）和接近中心性（closeness）的計算,以一定值作為截斷確定RNA的結(jié)合位點。進一步,我們用RNA-ligand和RNA-protein測試集對RBind的精度進行了比較分析。結(jié)果表明,該方法在RNA-ligand測試集中的平均預(yù)測精度為0.82,在RNA-protein測試集中的平均預(yù)測精度為0.63,預(yù)測精度優(yōu)于現(xiàn)有的RNA結(jié)... 

【文章來源】：華中師范大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：73 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 RNA簡介
        1.1.1 RNA結(jié)構(gòu)特征
        1.1.2 RNA功能特征
        1.1.3 RNA復(fù)合物的結(jié)構(gòu)與功能特征
    1.2 結(jié)合位點預(yù)測的研究進展及意義
        1.2.1 研究進展
        1.2.2 研究意義
    1.3 本文的研究工作及章節(jié)安排
        1.3.1 本文的研究工作
        1.3.2 章節(jié)安排
第二章 研究方法
    2.1 RBind網(wǎng)絡(luò)模型
        2.1.1 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.1.2 局部特征與全局特征
    2.2 RNA三級結(jié)構(gòu)建模
        2.2.1 序列與二級結(jié)構(gòu)介紹
        2.2.2 模型搭建
    2.3 直接耦合分析模型
    2.4 軟件介紹
        2.4.1 MATLAB
        2.4.2 Pymol
    2.5 本章小結(jié)
第三章 研究結(jié)果
    3.1 引言
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 測試集選取及結(jié)果分析方法
        3.2.2 測試集中的預(yù)測結(jié)果分析
        3.2.3 建模結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)果分析
        3.2.4 與現(xiàn)有方法的比較
        3.2.5 共進化關(guān)系
    3.3 潛在應(yīng)用分析
        3.3.1 藥物設(shè)計的靶標(biāo)
        3.3.2 復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測
    3.4 本章小結(jié)
第四章 總結(jié)與展望
參考文獻
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
攻讀學(xué)位期間獲得的獎勵
致謝


【參考文獻】：
博士論文
[1]核酸分子結(jié)構(gòu)預(yù)測研究[D]. 王劍.華中科技大學(xué) 2017
[2]非編碼RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測研究[D]. 趙蘊杰.華中科技大學(xué) 2012



本文編號：2896119