AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子是一種在植物生長發(fā)育和(非)生物脅迫應(yīng)答等過程中發(fā)揮重要作用的轉(zhuǎn)錄因子家族。本研究在綠豆全基因組范圍內(nèi),利用生物信息學(xué)方法分析了AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子家族的成員、結(jié)構(gòu)功能和理化性質(zhì)等信息。結(jié)果表明:綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子家族包含87個(gè)成員,劃分為ERF、DREB、AP2和RAV亞家族,其中76個(gè)成員不均勻的分布在11條染色體上;不同亞家族基因結(jié)構(gòu)差異較大,除高度保守的AP2/ERF結(jié)構(gòu)域外還存在其它保守結(jié)構(gòu)域;各成員的蛋白分子量介于13.99～75.40 kD,理論等電點(diǎn)介于4.87～9.72,可能不存在信號(hào)肽且均屬于親水性蛋白;α-螺旋和無規(guī)則卷曲是主要的二級(jí)結(jié)構(gòu)元件,三級(jí)結(jié)構(gòu)與二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果基本一致;絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸是主要的磷酸化作用位點(diǎn),不同成員具有不同數(shù)量和長度的固有無序化區(qū)域。本研究結(jié)果將為進(jìn)一步研究綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子功能提供理論依據(jù),同時(shí)也為綠豆品種抗逆改良提供了依據(jù)。

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圖1 擬南芥和綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子家族系統(tǒng)進(jìn)化分析

參照前人的分析分類方法，在綠豆基因組中共鑒定了87個(gè)AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子，這些綠豆轉(zhuǎn)錄因子均包含一個(gè)或兩個(gè)完整的AP2/ERF結(jié)構(gòu)域。為對(duì)綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行精準(zhǔn)分類，將87條綠豆與120條擬南芥AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子序列以NJ法構(gòu)建發(fā)育進(jìn)化樹，并將綠豆AP2/ERF....

圖4 綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子不同亞族的疏水性

蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)是指該蛋白的多肽鏈以二級(jí)結(jié)構(gòu)或超二級(jí)結(jié)構(gòu)甚至結(jié)構(gòu)域?yàn)榛A(chǔ)，通過進(jìn)一步的卷曲與折疊，借助次級(jí)鍵的維系與固定形成的特定空間結(jié)構(gòu)。利用同源建模法，將87條綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子的蛋白序列提交至在線的SWISS-MODEL軟件進(jìn)行三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析，該類轉(zhuǎn)錄因子蛋白主要....

圖5 綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子各亞族的信號(hào)肽預(yù)測(cè)分析

圖4綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子不同亞族的疏水性1.6綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子家族蛋白磷酸化位點(diǎn)分析

圖7 綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子各亞族蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析

圖6綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子各亞族蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析圖8綠豆AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子的蛋白磷酸化位點(diǎn)分析

本文編號(hào)：4053290