【目的】SNPs和SSRs標(biāo)記在功能基因的識(shí)別和定位等方面具有重要作用�！痉椒ā坷肎ATK和MISA軟件分別分析狗牙根轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)的SNPs和SSRs�！窘Y(jié)果】基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)搜索到297 542個(gè)SNP位點(diǎn),主要以轉(zhuǎn)換型為主;搜索到分布于18 982條Unigene中的22 154個(gè)SSR位點(diǎn),發(fā)生頻率為12.89%,SSR位點(diǎn)主要以單核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重復(fù)為主,三者合計(jì)占比為94.99%,其中AG/CT和CCG/CGG分別在二核苷酸和三核苷酸重復(fù)中占比最高;基序長(zhǎng)度在12～20 bp的SSRs數(shù)量最多,占比達(dá)78.52%。【結(jié)論】狗牙根轉(zhuǎn)錄組中的SNPs和SSRs位點(diǎn)具有數(shù)量多、類型豐富和多態(tài)性較好等特點(diǎn),或可為后續(xù)遺傳多樣性分析、品質(zhì)鑒定和抗性相關(guān)性狀解析等提供參考。

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【部分圖文】：

圖5 SSRs基序長(zhǎng)度分布

SSRs基序長(zhǎng)度可用來評(píng)估多態(tài)性高低,通常12～20bp的長(zhǎng)度范圍具有中等多態(tài)性,低于12bp和高于20bp分別具有低多態(tài)性和高多態(tài)性[17]。本次實(shí)驗(yàn)獲得的SSRs基序長(zhǎng)度在12～246bp之間,平均長(zhǎng)度為19.60bp。SSRs基序長(zhǎng)度分布如圖5,可知,基序長(zhǎng)度在1....

圖1 Unigene長(zhǎng)度分布

表1轉(zhuǎn)錄本和Unigene組裝結(jié)果Table1AssemblyresultsoftranscriptsandUnigene總數(shù)(nt)Totalnumber總長(zhǎng)(nt)Totallength平均長(zhǎng)度(nt)MeanlengthN50GC(%)轉(zhuǎn)錄....

圖2 SNPs類型分布

圖1Unigene長(zhǎng)度分布2.3狗牙根轉(zhuǎn)錄組中SSR數(shù)量與分布

圖3 SSRs類型分布

進(jìn)一步統(tǒng)計(jì)SSRs分布可知,二核苷酸重復(fù)類型中4種SSRs數(shù)量大小為:AG/CT>AC/GT>CG/CG>AT/AT,其中AG/CT型SSRs數(shù)量明顯高于其他3種,且與AT/AT型SSRs數(shù)量相差近10倍;三核苷酸重復(fù)類型中10種SSRs數(shù)量大小為:CCG/CGG>ATC/ATG....

本文編號(hào)：4056717