該研究從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選鑒定紫蘇溶血磷脂酸�；D(zhuǎn)移酶(LPAT)家族基因,采用生物信息學(xué)方法分析了該家族基因的序列特征及蛋白結(jié)構(gòu),利用qRT-PCR技術(shù)對(duì)該基因時(shí)空表達(dá)特性進(jìn)行了研究,為進(jìn)一步了解紫蘇油脂合成機(jī)制提供理論依據(jù)。結(jié)果表明:(1)從紫蘇轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中共檢測(cè)出11個(gè)LPAT家族基因,分別命名為PfLPAT1、PfLPAT2-1、PfLPAT2-2、PfLPAT2-3、PfLPAT2-4、PfLPAT4-1、PfLPAT4-2、PfLPAT5-1、PfLPAT5-2、PfLPAT5-3和PfLPAT5-4;PfLPATs編碼氨基酸長(zhǎng)度介于250～384 aa之間,理論等電點(diǎn)在7.6～9.6之間。(2)基因序列比對(duì)結(jié)果表明,11個(gè)PfLPATs蛋白分別屬于3個(gè)亞類,其中1型LPAT包含1個(gè)基因,2/3型LPAT包含4個(gè),4/5型LPAT包含6個(gè)。(3)實(shí)時(shí)熒光定量PCR結(jié)果顯示,11個(gè)LPAT家族基因在‘晉紫蘇1號(hào)’不同組織中均有表達(dá),其中LPAT2-1、LPAT2-2和LPAT2-3在種子中表達(dá)量較高,推測(cè)其在紫蘇種子油脂合成代謝過(guò)程中發(fā)揮重要作用。該結(jié)果為后續(xù)紫蘇LPAT家...

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圖1 ‘晉紫蘇1號(hào)’總RNA檢測(cè)

使用ProtParam軟件分析預(yù)測(cè)紫蘇11個(gè)LPAT家族基因編碼蛋白的基本理化性質(zhì),結(jié)果(表2)顯示:這些蛋白含有250～384aa,理論等電點(diǎn)在7.6～9.6之間,其中PfLPAT2-3為穩(wěn)定疏水性蛋白,其余均為不穩(wěn)定疏水性蛋白。PfLPATs蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)主要由α-螺旋、β....

圖2 紫蘇PfLPATs蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

采用同源建模的方法對(duì)PfLPATs蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)(圖2),結(jié)果發(fā)現(xiàn)PfLPATs蛋白均與海棲熱袍菌(Thermotogamaritima)5kym.1[15]蛋白的相似度最高,序列覆蓋度在48%～72%之間。該模板蛋白存在4個(gè)配體,其中一個(gè)為DD9,其余3個(gè)為HGX,這2....

圖3 不同物種LPATs蛋白系統(tǒng)進(jìn)化樹

通過(guò)系統(tǒng)進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn),紫蘇11個(gè)LPAT家族蛋白分別屬于3個(gè)不同亞型(圖3),PfLPAT1與甘藍(lán)型油菜及擬南芥等植物的LPAT1蛋白序列聚在一起,屬于1型LPAT;PfLPAT4-1、PfLPAT4-2、PfLPAT5-1、PfLPAT5-2、PfLPAT5-3、PfLPAT5....

圖5 PfLPATs基因在‘晉紫蘇1號(hào)’不同組織中的相對(duì)表達(dá)量

圖4紫蘇LPATs蛋白與其他物種蛋白序列比對(duì)3討論

本文編號(hào)：4050902