生物分子的功能由其結(jié)構(gòu)所決定,即生物分子在實現(xiàn)其生理功能過程中,必須具備特定的空間立體結(jié)構(gòu)。分析它的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)和影響其結(jié)構(gòu)穩(wěn)定的因素,對于理解生物體中的合成和分解等過程有重要的指導意義。核心五糖作為N-糖鏈連接的糖蛋白的重要組成部分,是理想的理論模擬模型。N-聚糖對糖蛋白的潛在應用前景至關(guān)重要,但其結(jié)構(gòu)的多樣性和不穩(wěn)定性嚴重限制了其進一步的研究。本文通過樹步法對N-聚糖中二糖和三糖分子進行了結(jié)構(gòu)搭建,并用密度泛函理論結(jié)合適合的量子化學基組對分子初始結(jié)構(gòu)做優(yōu)化和能量、頻率計算,得到它們低能量的穩(wěn)定構(gòu)型,對得到的構(gòu)型進行光譜分析,得到它們的結(jié)構(gòu)特點,在此基礎上通過三種方式的構(gòu)建,最終搭建了核心五糖構(gòu)型,并對搭建的五糖構(gòu)型進行優(yōu)化計算得到合理的低能量的穩(wěn)定構(gòu)型。具體來說,主要做了下內(nèi)容,首先應用樹步法研究了N-聚糖中核心五糖的重要組成部分聚乙酰氨葡糖二糖和甘露β(1,4)乙酰氨葡糖二糖的結(jié)構(gòu),根據(jù)它們的結(jié)構(gòu)特點,首先確定它們的糖苷鍵類型,然后分析氫鍵可能的類型并把它們以上部和下部氫鍵進行區(qū)分,根據(jù)上下部氫鍵來組合搭建分子的初始構(gòu)型。在建立初始構(gòu)型后,進行了結(jié)構(gòu)優(yōu)化、能量和頻率計算,能量和紅外振動...

【文章頁數(shù)】：80 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 研究內(nèi)容
    1.3 研究意義
    參考文獻
第二章 計算方法簡介
    2.1 分子模擬
        2.1.1 第一性原理方法
        2.1.2 密度泛函理論
    2.2 量子化學計算
        2.2.1 基組
        2.2.2 結(jié)構(gòu)優(yōu)化單點能零點能光譜頻率分析
    2.3 樹步法介紹
    參考文獻
第三章 運用樹步法研究糖蛋白中二糖的結(jié)構(gòu)
    3.1 前言
    3.2 計算方法
    3.3 結(jié)果和討論
        3.3.1 聚乙酰氨葡糖二糖結(jié)構(gòu)
        3.3.2 甘露β(1,4)乙酰氨葡糖二糖結(jié)構(gòu)
        3.3.3 優(yōu)化結(jié)構(gòu)的能量和光譜分析
    3.4 本章小結(jié)
    參考文獻
第四章 樹步法預測三糖和核心五糖結(jié)構(gòu)的應用研究
    4.1 前言
    4.2 計算方法
    4.3 結(jié)果和討論
        4.3.1 搭建甘露二乙酰氨葡糖三糖
        4.3.2 甘露三糖的結(jié)構(gòu)與搭建
        4.3.3 光譜特性與文獻報道的理論預測和實驗值的比較
    4.4 五糖的搭建和分析
    4.5 本章小結(jié)
    參考文獻
第五章 總結(jié)與展望
附錄 A 二糖的詳細數(shù)據(jù)
附錄 B 三糖和五糖的結(jié)構(gòu)與數(shù)據(jù)
攻讀學位期間發(fā)表的學術(shù)論文目錄
致謝



本文編號：4052363